Крім печер, поховання відбувалися також у храмах і просто на території монастиря. Ховали представників панівних верств — князів, бояр, вище духовенство, монахів, а згодом представників козацької старшини та служилої поміщицької аристократії. За місця на території монастиря родичі небіжчика вносили велику платню, що була для Лаври одним із істотних джерел прибутку. Най- почеснішим місцем поховань був Успенський собор — головний монастирський храм. Тут 1106 року поховано київського воєводу Яна Вишатича, учасника і свідка багатьох подій часів Ярослава Мудрого. Його цінними й цікавими розповідями скористався Нестор-літописець при написанні «Повісті временних літ». У 1109 році там же поховано Євпраксію Всеволодівну, сестру Во-лодимира Мономаха, дружину німецького імператора Генріха IV, 1119 року — мінського князя Гліба Всеславича, а в 1153 році — його дружину Анастасію Ярополківну.
Успенський собор служив за усипальню для православних литовських князів Ольгердовичів — Скиргайла Ольгердовича, Володимира Ольгердовича (кінець XIV ст.), Олелька Володимировича та інших. Зокрема, тут поховано останнього київського князя Симеона Олельковича, на кошти якого 1471 року відбудовано Успенський собор.

 

1531 року в соборі поховано князя К. І. Острозького, визначного полководця. Над його могилою в 1579 році встановлено пам’ятник, копію якого можна побачити на виставці «Успенський собор». Багато поховано тут інших представників українського магнатства — Вишневецьких, Сангушків, Єльців, Корецьких та інших. 1624 року похований тут архімандрит Єлисей Плетенецький — засновник лаврської друкарні, активний борець проти унії, 1626 року — архімандрит Захарія Копистенський, автор багатьох полемічних творів, і особливо капітальної «Палінодії». Біля східної стіни Успенського собору 1632 року поховано Памву Беринду, видатного вченого, поета, майстра друкарської справи, автора славнозвісного «Лексикона словеноросского», 1647 року — церковно-політичного діяча Петра Могилу, митрополита київського і архімандрита печерського, засновника в Лаврі 1631 року «гімназіума», а через рік — першої вищої школи у Києві, так званої Києво-Могилянської колегії (з 1701 року — академії).
1683 року похований архімандрит Інокенті й Гізель — церковно-політичний діяч, про-фесор і ректор Київської колегії.
У XVIII—XIX ст. в Успенському соборі поховано багатьох цар-ських військових чиновників: М. І. Леонтьева (1672—1752) — київського генерал-губернатора, двоюрідного брата Петра І, П. О. Румянцева-Задунайського (1725—1796) — фельдмаршала, видатного російського полководця, В. І. Гудовича (1740—1821) — фельдмаршала, сподвижника Румянцева.
На Дальніх печерах, на бастіоні навколо церкви Різдва Богородиці, поховані військові: генерал-фельдмаршал Ф. В. Остен-Сакен (1750—1837), учасник першої та другої турецьких воєн, італійського походу 1799 року, Вітчизняної війни 1812 року. Коли російські війська взяли Париж, Остена-Сакена призначили генерал-губернатором міста. Після смерті Барклая-де-Толлі стає команду-вачем І армії П. С. Кайсаров (1783—1844) — генерал від інфантерії, учасник російсько-турецької війни 1808—1812 років. Був секретарем конгресу в Бухаресті й управителем канцелярії М. І. Кутузова. В 1812 році він — черговий генерал діючих армій, брав участь у Бородінській битві, учасник Військової Ради в Філях, користувався особливим довір’ям М. І. Кутузова, відзначився в боях проти Наполеона в 1813—1814 роках;
А. І. Красовський (1783— 1843) — генерал від інфантерії, учасник Вітчизняної війни 1812 року;
М. С. Леонов (помер 1877 року) — генерал-майор, відзначився в боях за визволення Болгарії від турецького поневолення. На чолі гвардійської бригади 1877 року звільнив від турків болгарське місто Врацу. В Болгарії встановлено М. С. Леонову пам’ятник;
С. С. Леонов (помер 1899 року) — генерал-майор, брат М. С. Леонова. Учасник війни за визволення Болгарії від турець-кого ярма;
Є. В. Путятін (1803—1883) — російський державний діяч і дипломат, адмірал. Учасник На- варинської битви 1827 року. Як дипломат особливо відзначився заключениям російсько-японських договорів (1855 та 1858 років), Тяньцзінського трактату 1858 року. З 1861 року призначений міністром освіти, але згодом пішов у відставку в зв’язку з заворушенням серед студентів. Біля північної стіни трапезної за металевою огорожею знаходиться могила Василя Кочубея — генерального судді українського війська та Івана Іскри — полтавського полковника, страчених гетьманом Мазепою за спробу викрити його зрадницькі плани.
Поруч з могилою Кочубея та Іскри є ще дві чавунні надгробні плити. Під однією з них похований полковник донського козацького війська Ф. І. Флоров, що загинув під час російсько-турецької війни 1735—1739 років у бою за фортецю Хотин; під другою — полковник А. І. Краснощоков, учасник Семилітньої війни, що помер 1760 року після тяжкого поранення в бою під прусською фортецею Кольберг.